Premier d’outre-mer, le Parc naturel marin de Mayotte a été créé le 18 janvier 2010 après deux années de concertation avec la population mahoraise.

Il couvre une superficie de 68 400 kms², soit le lagon, les eaux territoriales et l'ensemble de la zone économique exclusive (ZEE) délimitée autour de Mayotte. Situé au nord du canal du Mozambique, il est bordé au nord-ouest par la ZEE des Comores, au nord-est par la réserve des Glorieuses, et au sud et à l’est par la ZEE de Madagascar.

Le Parc naturel marin de Mayotte vise à la fois le bon état des écosystèmes, des espèces et des habitats patrimoniaux ou ordinaires, le bon état des eaux marines, mais aussi l'exploitation durable des activités et le maintien du patrimoine culturel. Il s'attache aux valeurs sociales, économiques, scientifiques, éducatives et environnementales produites par le lien entre l'Homme et la mer. Les objectifs du Parc ont été définis en concertation avec la population qui a été consultée lors des Journées du Parc.
Le Parc dispose de sept grandes orientations qui constituent le point de mire des actions qu'il met en place : 

1. Faire de l'île un "pôle d'excellence" en matière de connaissance et de suivi des écosystèmes tropicaux et de la mangrove.
2. Retrouver une bonne qualité de l'eau dans le lagon notamment par une gestion appropriée des mangroves.
3. Développer en dehors du lagon une pêche professionnelle écologiquement exemplaire et pourvoyeuse d'emplois et de produits de la mer pour Mayotte.
4. Développer des filières aquacoles respectueuses de l'environnement et en particulier celles qui bénéficient directement aux populations locales.
5. Faire découvrir le milieu marin et la biodiversité grâce à l'organisation des activités de loisirs et la professionnalisation des acteurs du tourisme.
6. Pérenniser et valoriser les pratiques vivrières et les savoirs traditionnels dans le cadre d'une gestion précautionneuse du lagon.
7. Protéger et mettre ne valeur le patrimoine naturel, de la mangrove aux espaces océaniques, notamment par la formation et la sensibilisation du plus grand nombre.

L'équipe technique est composée d'agents de l’Office français de la biodiversité. Elle est organisée autour de deux services étroitement liés : le service « Ingénierie » et le service « Opérations ».
Le service « Ingénierie » est chargé de mettre en place en place les mesures de gestion prévues dans le plan de gestion, de préparer les dossiers relatifs aux avis des conseils de gestion, de préparer et de réaliser les plans d’action annuels et d'assurer les missions d'éducation à l'environnement marin.
Le service « Opérations » a en charge les missions de police des pêches et de l’environnement, les suivis scientifiques et l’entretien des équipements en mer. Deux agents sont assermentés.